فاطمه زارع میرک آباد - دانشگاه صنعتی امیرکبیر

خدمات ویژه: هیئت علمی دانشجویان دانش آموختگان کارکنان

مطالب پایگاه

اعضای هیات علمی

اینترنت

پست الکترونیک

اتوماسیون اداری و مکاتبات

پورتال آموزشی و پژوهشی

سامانه آموزش الکترونیک

مدیریت یادگیری - دروس حضوری

سامانه ارتقای اساتید(اوج)

سامانه جامع نظام پیشنهادها

سامانه یکپارچه کتابخانه‌ها

سامانه مدیریت یکپارچه آموزش کارکنان

دانشگاه صنعتی امیرکبیر

سامانه رزومه

فاطمه زارع میرک آباد

دانشیار
دانشکده ریاضی و علوم کامپیوتر
گروه آموزشی علوم کامپیوتر

دریافت با فرمت PDF English

پست الکترونیک:

f.zare

aut.ac.ir

شماره تماس:

h-index (Scopus):

10.00

ارجاعات (Scopus):

286

رساله‌های دکتری

عنوان پایان‌نامه

توسط

تاریخ دفاع

پیش بینی تعامل های بین TCR-اپی توپ-HLAبر اساس توالی های زیستی

مهسا سعادت

بهمن 1404

یادگیری فضای ویژگی دارو-بیماری جهت جایگزین دارو

زهرا قربانعلی

مهر 1402

شناسایی ژن ها و محصولات ژنی ضروری در تخریب شبکه های زیستی

جواد رضایی

مهر 1400

مدلسازی فرایند ترمیم شکستهای دو رشته ای DNA در طی چرخه سلولی

فاضله السادات محسنی صالحی منفرد

بهمن 1398

نگاشت خوانش ها و سر هم سازی ژنوم با استفاده از مرجع در تکنولوژی های تعیین توالی نسل جدید

فرزانه سالاری

مهر 1398

پایان‌نامه‌های کارشناسی ارشد

عنوان پایان‌نامه

توسط

تاریخ دفاع

پیش بینی ارتباط گیرنده سلول تی و آنتی ژن های لکوسیت انسانی با استفاده از یادگیری عمیق

صبا اسکندری منجیلی

مهر 1404

پیشبینی تاثیرگذاری sgRNA بر روی آنزیم Cas9

مسعود مهدوی فر

شهریور 1404

خوشهبندی نوع سلول ها بر اساس داده های توالی آر ان ای استخراج شده از تک سلول ها و اطلاعات مسیرهای زیستی

میترا احمدی

شهریور 1404

یافتن نشانگرهای زیستی اوتیسم با استفاده از داده بیان ژن

امیر ضرغامی

شهریور 1404

پیش بینی پاسخ مهارکننده های وارسی ایمنی بر اساس روش های مبتنی بر شبکه در بیماران سرطانی

ریحانه مرتضائی

اسفند 1403

پیشگویی ارتباط بین محیط ماکروبایومی و بیماری با استفاده از شبکه های ناهمگون

سبحان احمدیان مقدم

شهریور 1403

پیشگویی اهداف دارویی برای بیماری های سیستم اعصاب با استفاده از شبکه های تعاملی پرو تئین

ریحانه ابراهیمی

بهمن 1402

استخراج ویژگی از جایگاه های پیرایش برای پیش بینی نواحی کدکننده

آرش کاظمی آذربایجانی

بهمن 1402

پیشگویی تعامل HLA با پپتید با استفاده از شبکه های عصبی

مریم نظرلو

بهمن 1402

مدل سازی زبانی پوشیده شده برای طراحی دارو از ابتدا

سیدحسن علوی

بهمن 1402

پیش بینی نیمه غلظت بازدارندگی برای اهداف دارویی با استفاده از خواص فارماکوکینتیکی

محمد فراهانچی برادران

دی 1402

کاهش خطای نگاشت خوانش ها با استفاده از دسته بندی خوانش های کوتاه

سیدمصطفی مشکاتی

شهریور 1402

دسته بندی زیرگروه های ویروس آنفولانزا نوع A با استفاده از یادگیری ژرف

محمدامین سهرابی و سعید شیری قیداری

اسفند 1401

مدلسازی تعامل بین پروتئین و متابولایت با استفاده از شبکه های متابولیکی

فیاض سلیمانی بابادی و محمد اکبری

اسفند 1401

پیشگویی نشانگرهای زیستی برای تعیین زیرگروه های سرطان مری با استفاده از داده های بیان ژن

مهدیس حبیب پور فتیده و مهدی قطعی

مهر 1401

پیش بینی ارتباط میکرو آران ای با بیماری براساس ترکیب کردن داده های مولکولی متفاوت

سهراب صالحی ارشلو

مهر 1401

تشخیص نشانگرهای زیستی برای پیشگویی دوره بارداری

آرزو پاک سرشت

مهر 1401

پیشگویی مقاومت ضد میکروبی در باکتری ها بااستفاده از میزان شباهت باکتری -باکتری و انتی بیوتیک- انتی بیوتیک

زهرا سراج و محمدحسن شیرعلی شهرضا

مهر 1401

پیشگویی ترکیبات راهبر با استفاده از فضای ویژگی ناهمگن

مهدی پیکان حیرتی

خرداد 1401

طراحی سه بعدی rna

ساراسادات نوری زاده

شهریور 1400

پیش بینی تمایل اتصال دارو به پروتئین هدف بر اساس خواص پایه ای مولکول

مهسا سعادت

شهریور 1400

پیش بینی واکنش های نامطلوب دارویی با ادغام منابع داده ای متفاوت

میلاد بشارتی فرد

شهریور 1400

طراحی معکوس ساختار پروتئین بر اساس مدلهای یادگیر

امین رحمانی

فروردین 1400

تنشخیص نشانگرهای زیستی موثر در بیماری اوتیسم

مریم رستگاری

اسفند 1399

پیشگویی ساختار آر-ان-ای با استفاده از شبکه ی عصبی

پرهام حافظی بافتی

بهمن 1398

critical noda detection in network

زینب مجید حسین

شهریور 1398

پیشگویی جایگاه تعامل بیین دو پروتئین بر اساس ویژگی های هندسی

محبوبه شریفیان اصفهانی

بهمن 1397

پیش گویی تا خوردگی معکوس پروتیین بر اساس پلیمرهای موجود در pdb

عارفه علیخانی

مهر 1397

تنظیم پارامترهای عوامل اساسی دخیل در شبیه سازی سزطان

محمدجواد صباغ زاده

مهر 1397

پیش بینی جایگاه های پیوند عامل های رونویسی بر روی ژنوم انسان با استفاده از شبکه عصبی عمیق

حسین بانکی کشکی و سیدعلی سیدصالحی

بهمن 1396

ساخت شبکه های تنظیم بیان ژن با استفاده از داده های ریز آرایه

محیا مشرف

بهمن 1396

ساخت درخت فیلوژنتیک بر اساس خوشه بندی مکرر

بیتا پورمحسنین

مهر 1396

شناسایی روابط معنایی بین داروها و بیماری ها با استفاده از الگوریتم های یاد گیری

مهرو مریدی

مهر 1396

هم ترازی یک جفت ساختار سه بعدی RNA با استفاده از روش های هندسی

سهی صالحیان قمصری و علی محدث خراسانی

آبان 1395

همترازی سراسری دو شبکه ی بر هم کنش پروتئین پروتئین

زهرا قربانعلی

آبان 1395

کشف کنترل پذیری در شبکه های زیستی

فربد فرهور

بهمن 1394

مقایسه ساختارهای آر ان ای براساس روش های پردازش تصویر

مهدی فرشی کرمانی

بهمن 1394

پیشگویی تاخوردگی اجماع در یک مجموعه از توالی های آر ان ای غیر متوازن

محمدرضا واحدی

بهمن 1394

تشخیص تغییرات تک نو کلوتیدی در توالی ژنوم

مهرداد کریمی

مهر 1394

تشخیص دادن جایگاه های اسپلایسینگ در توالی های دی ان ای

سعید رستگار

مهر 1394

ارائه یک مدل جدید برای نمایش موتیف بر اساس نظریه کدگذاری

مهری بخشیان

مهر 1394

پیشگویی معکوس ساختار پروتئین

مرضیه موحدی

شهریور 1394

کشف الگوبرای پیشگویی بیماری پیش فعال ADHDبر اساس داده های fmriمغزی

فرناز محمدی

اسفند 1393

بازسازی هاپلوتایپ ها از داده های ژنو تایپ بر مبنای روش پارسیمونی

شیوا شکیباپور

مهر 1393

مونتاژ هاپلوتایپ براساس داده های سکانس شده ژنوم

مطهره فرخ نیا

مهر 1393

پیشگویی معکوس ساختار RNA با استفاده از روش SHAPE-Directed

محدثه لطفی

مهر 1393

طبقه بندی داده های بیان ژن باکتری اشریشیا کلی بر اساس یک روش نوین یادگیری با ناظر

مجید چنگی آشتیانی

مهر 1393

کشف موتیف در توالی های زیستی با استفاده از الگوریتم بهینه سازی فاخته وشبیه سازی تبرید

مهری ملالو

شهریور 1393

انالیز وابستگی بین تغیرات اپی ژنتیکی و رونویسی ژن

محمد طالب زاده

مهر 1392

توازن ساختاری مولکول های RNA دارای شبه گره

عباس معصوم زاده ترک

مهر 1392

بازسازی روابط تکاملی بین موجودات بر اساس سه تایی های ریشه دار

علیرضا زمانی زینلی

بهمن 1391

یافتن تنوع های ساختاری در ژنوم

علی ایزدی مطلق

آبان 1391

پیدا کردن موتیف های دایاد در توالی های زیستی

مصطفی پورصالحی عباس ابادی

مهر 1391

تمایز آرتریت روماتوئید از استئوآرتریت با استفاده از یادگیری ماشین

شهاب قاسمی نژادرائینی

اردیبهشت 1405

مقالات مجلات

[{FirstNameE:Zahra,LastNameE:Seraj,Rank:1},{FirstNameE:Zahra,LastNameE:Ghorbanali,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:Bahareh,LastNameE:Attaran,Rank:4},{FirstNameE:Sajjad,LastNameE:Gharaghani,Rank:5}], "Exploring feature limitations in antimicrobial resistance prediction: machine learning and deep learning in A. baumannii", Scientific Reports, vol. 1, no. 1, pp.1-40, 2026.

[{FirstNameE:Mehrabani,LastNameE:Maryam,Rank:1},{FirstNameE:Amir,LastNameE:Lakizadeh,Rank:2},{FirstNameE:Alireza,LastNameE:Fotuhi Siahpirani,Rank:3},{FirstNameE:Mahdieh,LastNameE:Salimi,Rank:4},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:5},{FirstNameE:Ali,LastNameE:Masoudi-Nejad,Rank:6}], "SynergyGraph: predicting cell line specific drug combination synergy scores using knowledge graph representation and hypergraph modeling", Scientific Reports, vol. 16, no. 1, pp.1-14, 2025.

[{FirstNameE:Mahsa,LastNameE:Saadat,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:Milad,LastNameE:Besharatifard,Rank:3}], "SiaScoreNet: a siamese neural network-based model integrating prediction scores for HLA-peptide interaction prediction", Bioinformatics Advances, vol. 5, no. , pp.1-13, 2025.

[{FirstNameE:MARYAM,LastNameE:NAZARLOO,Rank:1},{FirstNameE:MAHSA,LastNameE:SAADAT,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "PHLA-SiNet: A novel peptide-HLA binding prediction model using heterogeneous Siamese neural networks", Computers In Biology and Medicine, vol. 197, no. , pp.-, 2025.

[{FirstNameE:,LastNameE:Maryam Ghobakhloo,Rank:1},{FirstNameE:Zahra,LastNameE:Ghorbanali,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Roya Abbaszadeh,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Mohammad Taheri-Ledari,Rank:5},{FirstNameE:,LastNameE:Bahman Zeynali,Rank:6}], "SimPep and OP-AND: A deep learning framework and curated database for predicting osteogenic peptides", Plos Computational Biology, vol. , no. , pp.-, 2025.

[{FirstNameE:SARA,LastNameE:MOHAMMADZADEH,Rank:1},{FirstNameE:Zahra,LastNameE:Ghorbanali,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Prediction of human-virus protein-protein interaction using heterogeneous siamese neural network", , vol. 16, no. 2, pp.42-57, 2025.

[{FirstNameE:,LastNameE:Behnaz Haji Molla Hoseyni,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Hossein Lanjanian,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Yasaman Zohrab Beig,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Mahdieh Salimi,Rank:4},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:5},{FirstNameE:,LastNameE:Ali Masoudi-Nejad,Rank:6}], "Molecular landscape of endometrioid Cancer: Integrating multiomics and deep learning for personalized survival prediction", Computers In Biology and Medicine, vol. 192, no. 192, pp.1-15, 2025.

[{FirstNameE:MAHSA,LastNameE:SAADAT,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Ali Masoudi-Nejad,Rank:3},{FirstNameE:MOHAMMAD,LastNameE:FARAHANCHI BARADARAN,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Nazanin Hosseinkhan,Rank:5}], "HLAPepBinder: An Ensemble Model for The Prediction Of HLA- Peptide Binding", Iranian Journal of Biotechnology, vol. 22, no. 4, pp.92-105, 2024.

[{FirstNameE:Zahra,LastNameE:Ghorbanali,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:BAHRAM,LastNameE:MOHAMMADPOURESFAHANI,Rank:3}], "DRP-VEM: Drug Repositioning Using Voting Ensemble Model", Aut Journal of Mathematics and Computing, vol. 1, no. 1, pp.1-1, 2024.

[{FirstNameE:NIKTA,LastNameE:GOHARI SADR,Rank:1},{FirstNameE:ARMIN,LastNameE:BEHJATI,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "RNA-Protein interaction prediction using transformers and asymmetric Siamese neural network", , vol. 37, no. 1, pp.74-91, 2024.

[{FirstNameE:MOHAMMAD AMIN,LastNameE:SOHRABI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Saeed Shiri Ghidary,Rank:3},{FirstNameE:MAHSA,LastNameE:SAADAT,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Seyed-Ali Sadegh-Zadeh,Rank:5}], "A novel data augmentation approach for influenza a subtype prediction based on HA proteins", Computers In Biology and Medicine, vol. 172, no. 172, pp.108316-108316, 2024.

[{FirstNameE:MILAD,LastNameE:BESHARATIFARD,Rank:1},{FirstNameE:ZAHRA,LastNameE:GHORBANALI,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Adverse drug reaction prediction using voting ensemble training approach", Aut Journal of Mathematics and Computing, vol. 5, no. 1, pp.45-60, 2024.

[{FirstNameE:MEHDI,LastNameE:PAYKAN HEYRATI,Rank:1},{FirstNameE:ZAHRA,LastNameE:GHORBANALI,Rank:2},{FirstNameE:Mohammad,LastNameE:Akbari,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Ghasem Pishgahi,Rank:4},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:5}], "BioAct-Het: A Heterogeneous Siamese Neural Network for Bioactivity Prediction Using Novel Bioactivity Representation", Acs Omega, vol. 47, no. 8, pp.44757-44772, 2023.

[{FirstNameE:,LastNameE:Alireza Shariatmadar Taleghani,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Yasaman Zohrab Beigi,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Ali Masoudi?Nejad,Rank:4}], "Exploring ceRNA networks for key biomarkers in breast cancer subtypes and immune regulation", Scientific Reports, vol. 20795, no. 13, pp.1-16, 2023.

[{FirstNameE:ZAHRA,LastNameE:GHORBANALI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Najmeh Salehi,Rank:3},{FirstNameE:Mohammad,LastNameE:Akbari,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Research Open access Published: 03 October 2023 DrugRep-HeSiaGraph: when heterogenous,Rank:5}], "DrugRep-HeSiaGraph: when heterogenous siamese neural network meets knowledge graphs for drug repurposing", Bmc Bioinformatics, vol. 374, no. 24, pp.1-31, 2023.

[{FirstNameE:FAYAZ,LastNameE:SOLEYMANI BABADI,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Zahra Razaghi Moghadam Kashani,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Zoran Nikoloski,Rank:4}], "Prediction of metabolite-protein interactions based on integration of machine learning and constraint-based modeling", Bioinformatics Advances, vol. 3, no. 1, pp.1-13, 2023.

[{FirstNameE:ZAHRA,LastNameE:GHORBANALI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:Mohammad,LastNameE:Akbari,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Najmeh Salehi,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Ali Masoudi-Nejad,Rank:5}], "DrugRep-KG: Toward Learning a Unified Latent Space for Drug Repurposing Using Knowledge Graphs", Journal of Chemical Information and Modeling, vol. 10, no. 21, pp.1-20, 2023.

[{FirstNameE:MARYAM,LastNameE:RASTEGARI,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Najmeh Salehi,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Biomarker prediction in autism spectrum disorder using a network-based approach", Bmc Medical Genomics, vol. 16, no. 12, pp.1-13, 2023.

[{FirstNameE:ARMIN,LastNameE:BEHJATI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Shahriar Arab,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Abbass Nowzari Dalini,Rank:4}], "Protein sequence profile prediction using ProtAlbert transformer", Computational Biology and Chemistry, vol. 99, no. 107717, pp.1-13, 2022.

[{FirstNameE:JAVAD,LastNameE:REZAEI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:sayed-Ali Marashi,Rank:3},{FirstNameE:S.ALI,LastNameE:MIRHASSANI,Rank:4}], "The assessment of essential genes in the stability of PPI networks using critical node detection problem", .Aut Journal of Mathematics and Computing, vol. 3, no. 1, pp.59-76, 2022.

[{FirstNameE:JAVAD,LastNameE:REZAEI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:S.ALI,LastNameE:MIRHASSANI,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Seyed Amir Marashii,Rank:4}], "EIA-CNDP: An exact iterative algorithm for critical node detection problem", Computers and Operations Research, vol. 127, no. 1, pp.105-138, 2020.

[{FirstNameE:,LastNameE:Najmeh Salehi,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Bahareh Attaran,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Bahareh Ghadiri,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Maryam Esmaeli,Rank:5},{FirstNameE:,LastNameE:Mohadeseh Shakaram,Rank:6},{FirstNameE:,LastNameE:Mohammad Tashakoripour,Rank:7},{FirstNameE:,LastNameE:Mahmoud Eshagh Hossini,Rank:8},{FirstNameE:,LastNameE:Marjan Mohammadi,Rank:9}], "The outward shift of clarithromycin binding to the ribosome in mutant Helicobacter pylori strains", Helicobacter, vol. 1, no. 1, pp.1-11, 2020.

[{FirstNameE:NAFISEH,LastNameE:BANIRAZI MOTLAGH,Rank:1},{FirstNameE:BAHRAM,LastNameE:MOHAMMADPOOR ESFAHANI,Rank:2},{FirstNameE:BEHNOOSH,LastNameE:ASHRAFI,Rank:3},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:4}], "The Assessment of Histone Acetylation marks in the Vicinity of Transcription Factor Binding Sites in Human CD4 + T Cells using Information Theory Methods", Computational Biology and Chemistry, vol. 86, no. 0, pp.1-9, 2020.

[{FirstNameE:FARZANEH,LastNameE:SALARI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Mohammad Hossein Alavi,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Lea Girard,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Mahya Ghafari,Rank:5},{FirstNameE:,LastNameE:Rene De Mot,Rank:6},{FirstNameE:,LastNameE:Hassan Roknizahed,Rank:7}], "Draft Genome Sequence of Pseudomonas aeruginosa Strain LMG 1272, an Atypical White Line Reaction Producer", Microbiology Resource Announcements, vol. 9, no. 7, pp.1-3, 2020.

[{FirstNameE:FAZELEH SADAT,LastNameE:MOHSENI SALEHI MONFARED,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Mehdi Sadeghi,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Soudeh Ghafouri-Fard,Rank:4}], "A Stochastic Model of DNA Double-Strand Breaks Repair Throughout the Cell Cycle", Bulletin of Mathematical Biology, vol. 0, no. 0, pp.517-539, 2020.

[{FirstNameE:MAHROO,LastNameE:MORIDI,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Marzyeh Gadiri,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Ali Sharifi-Zarchi,Rank:3},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:4}], "The assessment of efficient representation of drug features using deep learning for drug repositioning", Bmc Bioinformatics, vol. 20, no. 577, pp.1-11, 2019.

[{FirstNameE:FARZANEH,LastNameE:SALARI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Mehdi Sadeghi,Rank:3}], "A new hash function and its use in read mapping on genome", .Aut Journal of Mathematics and Computing, vol. 1, no. 1, pp.1-4, 2019.

[{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:1},{FirstNameE:NAFISEH,LastNameE:BANIRAZI MOTLAGH,Rank:2}], "Transcription Factor Binding Sites Prediction Based on Histone Acetylations using Neural Networks", , vol. 32, no. 4, pp.527-538, 2019.

[{FirstNameE:FARZANEH,LastNameE:SALARI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Mehdi Sadegi,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Hassan Roknizadeh,Rank:4}], "Assessing the impact of exact reads on reducing the error rate of read mapping", Bmc Bioinformatics, vol. 19, no. 19, pp.406-421, 2018.

[{FirstNameE:,LastNameE:Ali Jalivand,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Behzad Akbari,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "S-FLN: A sequence-based hierarchical approach for functional linkage network reconstruction", Journal of Theoretical Biology, vol. 437, no. 437, pp.149-162, 2018.

[{FirstNameE:FAZELEH SADAT,LastNameE:MOHSENI SALEHI MONFARED,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Soudeh Ghafouri-Fard,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Mehdi Sadeghi,Rank:4}], "The effect of stochasticity on repair of DNA double strand breaks throughout non-homologous end joining pathway", Mathematical Medicine and Biology-A Journal of The Ima, vol. 1, no. 1, pp.1-23, 2017.

[{FirstNameE:,LastNameE:Soheila Montaseri,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Mohammad Genjtabesh,Rank:3}], "Evaluating the quality of SHAPE data simulated by k-mers for RNA structure prediction", Journal of Bioinformatics and Computational Biology, vol. 15, no. 6, pp.1-17, 2017.

[{FirstNameE:HOSSEIN,LastNameE:BANKIKOSHKI,Rank:1},{FirstNameE:S.ALI,LastNameE:SEYYEDSALEHI,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Dimensionality Reduction of Binding Site Sequence Data on Human Genome Using a Deep Autoencoder Neural Network", Iranian Journal of Biomedical Engineering, vol. 11, no. 3, pp.219-230, 2017.

[{FirstNameE:MOHADESEH,LastNameE:LOTFI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Soheila Montaseri,Rank:3}], "RNA design using simulated SHAPE data", Genes and Genetic Systems, vol. 0, no. 0, pp.1-10, 2017.

[{FirstNameE:,LastNameE:Soheila Montaseri,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Mohammad Ganjtabesh,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Evolutionary Algorithm for RNA Secondary Structure Prediction Based on Simulated SHAPE Data", Plos One, vol. 11, no. 0, pp.1-13, 2016.

[{FirstNameE:YOUSEF,LastNameE:SEYFARI,Rank:1},{FirstNameE:Farzad,LastNameE:Didehvar,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Hadi Banaee,Rank:3},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:4}], "Evaluating the accuracy of splice site prediction based on integrating Jensen-Shannon divergence and a polynomial equation of order 2", International Journal of Computer Applications, vol. 151, no. 5, pp.1-5, 2016.

[{FirstNameE:MARZIYEH,LastNameE:MOVAHEDI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:SEYED SHAHRIAR ARAB,Rank:3}], "Evaluating the accuracy of protein design using native secondary sub-structure", Bmc Bioinformatics, vol. 17, no. 353, pp.1-11, 2016.

[{FirstNameE:MEHRI,LastNameE:MOLLALO,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2}], "Motif Finding in upstream regulatory regions of co-expressed genes using Cuckoo optimization Algorithm and Simulated Annealing", , vol. 46, no. 3, pp.333-344, 2016.

[{FirstNameE:,LastNameE:Morteza Kouhsar,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:YOusef Jamali,Rank:3}], "WCOACH: protein -protein complex prediction in weighted PPT networks", Genes and Genetic Systems, vol. 90, no. 0, pp.317-324, 2016.

[{FirstNameE:MOHADESEH,LastNameE:LOTFI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Soheila Montaseri,Rank:3}], "RNA secondary structure prediction based on SHAPE data in helix regions", Journal of Theoretical Biology, vol. 380, no. 0, pp.178-182, 2015.

[{FirstNameE:,LastNameE:Soheila Montaseri,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Nasrollah Mogadam Chakeri,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "RNA secondary structure prediction based on genetic algorithm", , vol. 27, no. 3, pp.428-437, 2015.

[{FirstNameE:,LastNameE:Mohammad Ganjtabesh,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Soheila Montaseri,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "using tempreture effects to predict the interactions between two RNAs", Journal of Theoretical Biology, vol. 364, no. 364, pp.98-102, 2015.

[{FirstNameE:MOHAMMAD,LastNameE:TALEBZADEH,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2}], "Transcription Factor Binding Sites Prediction Based on Modified Nucleosomes", Plos One, vol. 2, no. 9, pp.1-10, 2014.

[{FirstNameE:,LastNameE:Mohammad Gakjtabesh,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:abbss nowzari,Rank:3}], "Inverse RNA folding solution based on multi-objective genetic algorithm and gibbs sampling method", Excli Journal, vol. 12, no. 0, pp.546-555, 2013.

[{FirstNameE:,LastNameE:Hesamedin Torabi Dashti,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Nima Aghaeepour,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Hayedeh Ahrabian,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Abbas Nowzari-Dalini,Rank:5}], "PreRkTAG: Prediction of RNA Knotted Structures Using Tree Adjoining Grammars", Iranian Journal of Biotechnology, vol. 11, no. 1, pp.3-13, 2013.

[{FirstNameE:MOHAMMAD REZA,LastNameE:RAFSANJANI SADEGHI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:MARYAM,LastNameE:TAHMASEBI,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Mahdi Sadeghi,Rank:4}], "EPWM: An Extended Position Weight Matrix for Motif Representation in Biological Sequences", Journal of Basic and Applied Scientific Research, vol. 2, no. 7, pp.7276-7286, 2012.

[{FirstNameE:,LastNameE:Siheila Montaseri,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Nasrollah Moghadam,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "A heuristic approach to RNA-RNA interaction prediction", Journal of Theoretical Biology, vol. 300, no. 300, pp.206-211, 2012.

مقالات همایش‌ها

[{FirstNameE:MILAD,LastNameE:BESHARATIFARD,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2}], "A siamese neural network for predicting snoRNA-disease association,", the 33rd International Conference on Electrical Engineering, May 2025.

[{FirstNameE:SOBHAN,LastNameE:AHMADIAN MOGHADAM,Rank:1},{FirstNameE:Zahra,LastNameE:Ghorbanali,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Hesam Montazeri,Rank:3},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:4}], "Intergrating biological networks and deep learning for microbe-disease prediction,", The 4th International & 13th Iranian Conference on Bioinformatics, Feb 2025.

[{FirstNameE:MASOUD,LastNameE:MAHDAVIFAR,Rank:1},{FirstNameE:MILAD,LastNameE:BESHARATIFARD,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Discovering moonlighting proteins with AI and explainabilit,", The 4th International & 13th Iranian Conference on Bioinformatics, Feb 2025.

[{FirstNameE:MASOUD,LastNameE:MAHDAVIFAR,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2}], "Enhancing predictive accuracy of CRISPR-Cas9 on-target efficiency using deep learning and active learning optimization for small datasets,", The 4rd International & 13th Iranian Conference on Bioinformatics, Feb 2025.

[{FirstNameE:SEYYEDHASSAN,LastNameE:ALAVI,Rank:1},{FirstNameE:Zahra,LastNameE:Ghorbanali,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "In-silico drug generation using masked language modeling,", The 4rd International & 13th Iranian Conference on Bioinformatics, Feb 2025.

[{FirstNameE:REYHANEH,LastNameE:EBRAHIMI,Rank:1},{FirstNameE:SEYYEDHASSAN,LastNameE:ALAVI,Rank:2},{FirstNameE:FAYAZ,LastNameE:SOLEYMANI BABADI,Rank:3},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:4}], "Targeting protein in neurodegenerative diseases: a computational approch,", The 4rd International & 13th Iranian Conference on Bioinformatics, Feb 2025.

[{FirstNameE:,LastNameE:Fateme Mirza-Abolhassani,Rank:1},{FirstNameE:SOBHAN,LastNameE:AHMADIAN MOGHADAM,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Kaveh Kavousi,Rank:4}], "Identification of driver genes in glioblastoma based on single-cell gene expression data using integrated pseudotime and phylogenetic analysis,", The 4rd International & 13th Iranian Conference on Bioinformatics, Feb 2025.

[{FirstNameE:,LastNameE:Zahra Vahdani,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Farshad Darvishi,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Designing guide RNAs considering essential genes for genome editing of yarrowia lipolytica using deep learning in CRISPR system,", The 4rd International & 13th Iranian Conference on Bioinformatics, Feb 2025.

[{FirstNameE:FATEME,LastNameE:BAGHERI,Rank:1},{FirstNameE:GHOLAMREZA,LastNameE:PAZOUKI,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:MAHSA,LastNameE:SAADAT,Rank:4},{FirstNameE:ZAHRA,LastNameE:GHORBANALI,Rank:5}], "Enhancing Predictive Accuracy of Biomolecules Partition Coefficients in Aqueous Two-Phase Systems Using Machine Learning,", سومین کنفرانس بین المللی و دوازدهمین کنفرانس بیوانفورماتیک ایران, Feb 2024.

[{FirstNameE:REYHANEH,LastNameE:MORTEZAEI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2}], "A Siamese neural network for immunotherapy response prediction,", The 3rd International & 12th Iranian Conference on Bioinformatics, Feb 2024.

[{FirstNameE:MILAD,LastNameE:BESHARATIFARD,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:ZAHRA,LastNameE:GHORBANALI,Rank:3}], "Predicting Adverse Drug Reactions Using Computational Methods: An Analysis of Drug and Adverse Reaction Features and Representations,", The 2nd International and 11th National Iranian Conference on Bioinformatics (ICB), Feb 2023.

[{FirstNameE:ZAHRA,LastNameE:SERAJ,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2}], "Antimicrobial resistance prediction in Acinetobacter baumannii using collaborative matrix factorization,", The 2nd International and 11th National Iranian Conference on Bioinformatics (ICB), Feb 2023.

[{FirstNameE:MAHSA,LastNameE:SAADAT,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Nazanin Hosseinkhan,Rank:3}], "Improvement of peptide-HLA class I prediction using transformers,", The 2nd International and 11th National Iranian Conference on Bioinformatics (ICB), Feb 2023.

[{FirstNameE:MAHSA,LastNameE:SAADAT,Rank:1},{FirstNameE:ARMIN,LastNameE:BEHJATI,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Sajjad Gareghani,Rank:4}], "Drug-target Binding Affinity Prediction Using Transformers,", The 1th international and 3rd national conference on Bioinformatics, Jan 2022.

[{FirstNameE:AMIN,LastNameE:RAHMANI,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2}], "An extension of Wang's protein design model using Blosum62 substitution matrix,", 52nd annual mathematics conference, Aug 2021.

[{FirstNameE:MARZIYEH,LastNameE:MOVAHEDI,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Ali Ramazani,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Nagarjun Kondure,Rank:3},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:Shahriar Arab,Rank:5}], "Computational Analysis of Nanoparticle Features on Protein Corona Composition in Biological Nanoparticle protein Interaction,", 5th Conference on Knowledge-Based Engineering and Innovation (KBEI-2019), Feb 2019.

[{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:1},{FirstNameE:MARZIYEH,LastNameE:MOVAHEDI,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Shahriar Arab,Rank:3},{FirstNameE:NIMA,LastNameE:SARANG,Rank:4}], "protein design using native secondary sub-structures and solvent accessibility,", The 7th Conference on Bioinformatics, 3-5 January 2018, Jan 2018.

[{FirstNameE:HOSSEIN,LastNameE:BANKI-KOSHKI,Rank:1},{FirstNameE:S.ALI,LastNameE:SEYYEDSALEHI,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Transcription factor binding sites identification on human genome using an artificial neural network,", 25th Iranian Conference on Electrical Engineering, May 2017.

[{FirstNameE:HOSSEIN,LastNameE:BANKI-KOSHKI,Rank:1},{FirstNameE:S.ALI,LastNameE:SEYYEDSALEHI,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Clustering of Gene Expression Temporal Patterns of Yeast Microarray Data Using Data Mining Methods,", 23rd National & 1st International Iranian Conference on Biomedical Engineering, Nov 2016.

[{FirstNameE:,LastNameE:Mohadeseh Lotfi,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Alireza hoshyarmanesh,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Soheila Montaseri,Rank:4}], "Analyzing SHAPE data on the RNA secondary structure,", The 5th Iranian Conference on Bioinfromatics, May 2014.

[{FirstNameE:,LastNameE:Morteza Kouhsar,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Yousef Jamali,Rank:3}], "Protein complex prediction in weighted protein interaction networks using COACH method and semantic similarity,", the fifth Iranian Conference Bioinformatics, May 2014.

[{FirstNameE:,LastNameE:Ali Izadi,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2}], "Detecting structural variants using genetic algorithm,", The fourth Iranian Conference on Bioinformatics, Nov 2012.

[{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Farhad Maleki,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Mashsa Torkaman,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Shiva shakibapoor,Rank:4}], "a new method for haplotype inference based on maximum parsimony,", The fourth Iranian Conference on Bioinformatics, Nov 2012.

[{FirstNameE:NEGIN,LastNameE:FOROUZESH,Rank:1},{FirstNameE:MOHAMADREZA,LastNameE:KAZEMI,Rank:2},{FirstNameE:Ali,LastNameE:Mohades Khorasani,Rank:3},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:4}], "A new ranking method for protein binding site prediction based on triangulation entropy,", Moscow Conference on Computational Molecular Biology (MCCMB13), Jul 2012.

[{FirstNameE:FARHAD,LastNameE:MALEKI,Rank:1},{FirstNameE:Ali,LastNameE:Mohades Khorasani,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3},{FirstNameE:MOHAMMAD EBRAHIM,LastNameE:SHIRI AHMAD ABADY,Rank:4},{FirstNameE:,LastNameE:afsane Bijari,Rank:5}], "A PSO Inspired Harmony Search Algorithm,", CICIS'12, IASBS, Zanjan, Iran Third International Conference on Contemporary Issues in Computer and Information Sciences (CICIS 2012), May 2012.

[{FirstNameE:,LastNameE:Mohammad GanjTabesh,Rank:1},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:2},{FirstNameE:,LastNameE:Hayedeh Ahrabian,Rank:3},{FirstNameE:,LastNameE:Abbass Nowzari,Rank:4}], "MSSRNA: Make a sequence for a given RNA secondary strucutre based on genetic algorithm and gibbs sampling,", International Conference on Operations Research & Optimization, Jan 2012.

[{FirstNameE:,LastNameE:Soheila Montaseri,Rank:1},{FirstNameE:,LastNameE:Nasrollah Mogadam,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "A heuristic method for prediction the interation netween tow RNAs,", The 42nd Annual Iranian Mathematics Conference, Sep 2011.

[{FirstNameE:SEYED HADI,LastNameE:BANAEE,Rank:1},{FirstNameE:Ali,LastNameE:Mohades Khorasani,Rank:2},{FirstNameE:FATEMEH,LastNameE:ZARE MIRAKABAD,Rank:3}], "Gene Expression Similarity with Polygonal Chain Alignment,", 2nd International Conference on Contemporary Issues in Computer and Information Sciences (CICIS 2011), May 2011.

دروس ارائه شده

عنوان درس

توصیف درس

سرفصل ها

دوره درسی

Introduction to the Theory of Computation

4051

Cellular and Molecular Biology

4051

Computer Workshop

4051

Computer Workshop

4051

Design & Analysis of Algorithms

•آشنایی با روش های طراحی الگوریتم•تحلیل پیچیدگی زمانی و فضایی الگوریتم ها•اثبات درستی الگوریتم ها•آشنایی با مفاهیم NP- کامل و الگوریت�

4042

Protein and Nucleic Acid Sequence Analysis

4042

Advanced Algorithms

Understand systematic techniques for algorithm design• Analyze time and space complexity of algorithms• Prove correctness of algorithms• Become familiar with NP-Completeness and approximation algorithms

4042

Macromolecules Structure Prediction and Modeling

4041

Introduction to the Theory of Computation

4041

Fundamental of Bioinformatics

4041

Protein and Nucleic Acid Sequence Analysis

4032

Design & Analysis of Algorithms

4032